18 июня 1941 года И.Д.Черняховский получил приказ передислоцироваться под небольшой городок в Литве Шяуляй. В планах было проведение тактических военных учений, но 22 июня передовые немецкие части пересекли западную границу СССР. В результате дивизия Черняховского практически сразу оказалась в центре ожесточенных боевых действий, так как Литва была атакована одной из первых в первые дни Великой Отечественной войны. Через сутки подразделение Черняховского совершило марш бросок на 50 километров, заняв плацдарм неподалеку от города Варняй. Дальнейшее продвижение было ограничено отсутствием горючего. Впрочем, отсутствие налаженного снабжения войск стало проблемой большинства армейских частей на фронте в первое время.
Армия была не готова ни морально, ни организационно к внезапному нападению армии Вермахта. Кроме того, доставка горючего, оснащения и продовольствия была сильно затруднена постоянными бомбежками немецких бомбардировщиков, в первые месяцы войны авиация Третьего рейха господствовала в небе. Первое столкновение дивизии Черняховского с немецкими захватчиками состоялось при попытке отбить город Калтиненай. Очередное кровопролитное сражение завязалось на Западной Двине, одновременно с этим Иван Данилович получает приказ прикрыть переправу частей отставших в Риге. 1 июля немецкие войска форсировали Западную Двину, с этого момента начинается долгое отступление Красной Армии на восток вглубь страны.
Генерал Черняховский с Маршалом Советского Союза А.М.Василевским
Оборона Новгорода
13 июля 1941 года по приказу командования Черняховский со своими солдатами должен был занять оборону в одном из пригородов Новгорода. Именно в организации оборонительных позиций на этом участке Иван Данилович проявил свои лидерские и командные качества. Он выбрал стратегию молниеносной переброски войск из одной точки в другую, чем сильно осложнял положение противника. Для этого приучил своих подчинённых стараться не нагружаться ничем лишним, а брать только самое необходимое (боеприпасы, походную кухню и другие предметы первой необходимости). На запасе провизии Иван Данилович особенно настаивал, памятуя о годах нищеты и голода во время Гражданской войны. Когда солдаты рыли окопы, по позициям внезапно был открыт огонь из минометов, все части оперативно перебрасывались в Кремль города, служивший одним из важнейших стратегических пунктов. Имея численное преимущество и превосходство в количестве единиц вооружения, противник наращивал массированные удары. На тот момент практически вся Европа находилась в оккупации, поэтому большая часть боеспособных войск Третьего рейха активно перебрасывалась на территорию СССР. За несколько дней обороны дивизия Черняховского потеряла две трети личного состава, отбив 13 атак немецких войск. 16 и 17 августа немцами была предпринята попытка штурма Новгородского кремля и форсирования реки Волхов. Остатки дивизии Ивана Даниловича под его умелым командованием поливали врага пулеметным огнем, более того, предпринимали несколько попыток контратаки. Положение стало критичным, людей попросту не хватало, и высшее командование всё же решило задействовать небольшой резерв из числа войск северо-западного фронта. Массивная контратака под Старой Руссой заставила немцев ослабить натиск, перебросив часть войск к Старой Руссе. Оттянув на себя немецкий резерв, позволил остаткам дивизии Черняховского отступить к реке Волхов. В это время у комдива обнаруживается воспаление лёгких, и он отправляется на лечение в госпиталь.
Курская битва
В марте 1942 года Иван Данилович со своими частями был отправлен на Центральный фронт. Там он знакомится с командующим фронтом Константином Рокоссовским, который был впечатлен успехами молодого генерала. Черняховский получил звание после обороны Новгорода и битвы за Воронеж. Перед началом Курской битвы армия Центрального фронта была расположена на одной из вершин. С правой стороны заняли позиции войска генерал-лейтенанта Батова, слева расположилась армия Чибисова. Пока не было никакого движения, Черняховский успел побывать во всех сёлах в округе. Он знал обо всех населенных пунктах в прифронтовой зоне, таким образом, составляя для себя анализ происходящего и возможные стратегические манёвры.
Перед атакой немцев началась авиаподготовка, первая атака частей Третьего рейха под командованием Ханса Гюнтер фон Клюге была провалена, противник продвинулся не более чем на 10 километров, тогда как фронтовая полоса растянулась на сотню километров. После этого состоялась знаменитая танковая битва под Прохоровкой, в этом сражении были уничтожены элитные немецкие танковые войска. С гибелью танковых частей потерпел крах и план нацистов с кодовым названием «Цитадель». 23 июля Советская армия перешла в контратаку, отбив всю захваченную ранее территорию. Через месяц после начала битвы на Курской дуге от немецких захватчиков были освобождены город Орёл и Белгород. 60-я армия вместе с частями под командованием Черняховского осталась в тылу, ожидая приказа двигаться в сторону Украины. Солдаты провели в окопах уже несколько месяцев и рвались в бой, как и сам Иван Данилович. В середине августа Рокоссовский дал Черняховскому новые указания по наступлению. 30 августа войска взяли город Глухов, а за последующие дни армии удалось продвинуться на 60 километров, вплотную приблизившись к границе с Украиной. Тем временем немцы спешно отступали. Черняховский со своими частями принимал участие в освобождении таких городов, как Конотоп, Нежин и другие. Освобождал Киев после форсирования Днепра, сотни сел и деревень на территории Правого берега Украины.
Танковая битва под Прохоровкой
3-й Белорусский фронт 17 октября 1943 года состоялось важное событие в жизни генерала Черняховского, за операцию по форсированию Днепра он получил звание героя Советского союза. В возрасте 37 лет стал самым молодым командующим фронтом, заняв должность главнокомандующего 3-им Белорусским фронтом. Такой успех объяснялся упорством, трудолюбием, военной смекалкой и мужеством, проявленным в боях. Под командованием генерала Черняховского армия освободила Витебск, Минск и Вильнюс. Иван Данилович вернулся и освобождал Литву, где в 41-м встретил войну. После освобождения Прибалтики фронт продвинулся в сторону Европы, затем переместился в Германию.
И.Д.Черняховский принимает командование 3-м Белорусским фронтом, 1944 г.
Генерал И.Д.Черняховский, командующий 3-м Белорусским фронтом. 1944 г.
М.И.Калинин вручает награду И.Д.Черняховскому
Маршал Советского Союза А.М.Василевский и генерал И.Д.Черняховский принимают капитуляцию командира 206-й ПД генерал-лейтенанта Альфонса Хиттера. Витебск, 28 июня 1944 года.